医療費が多かった年は、寄付前の試算と、寄付後の申告の両方を見直します。医療費控除で課税所得が減れば、ふるさと納税の目安も変わります。さらに、医療費控除のために確定申告をする場合は、それまでに申請したワンストップ特例が使えなくなります。
支払額・補填後の額・控除額を分ける
通常の医療費控除は、対象となる医療費から保険金などを差し引き、さらに10万円、または総所得金額等の5％のいずれか低い額を引いて計算します。控除額の下限は0円、上限は200万円です。具体的な対象と計算は国税庁「医療費を支払ったとき」で確認できます。
入力例：支払い30万円、補填8万円の場合
総所得金額等が200万円以上で、支払額のすべてが控除対象、補填8万円がその医療費に対応していると仮定します。
| 段階 | 計算 | 金額 |
|---|---|---|
| 対象となる医療費 | 領収書などから集計 | 300,000円 |
| 補填後の医療費 | 300,000 − 80,000 | 220,000円（当サイトの入力額） |
| 医療費控除額 | 220,000 − 100,000 | 120,000円（計算結果） |
入力欄に120,000円を入れると、そこから足切り額を再び引いてしまいます。他のサービスでは控除額を入力する形式もあるため、欄の説明を確かめてください。
保険金は、給付対象の医療費に対応させる
入院費20万円に対し、その入院を補填する給付金が25万円あっても、余った5万円を別の通院費から引く必要はありません。入院分を0円として扱い、別の対象医療費は別に集計します。医療費ごとに「誰の医療費か・いつ支払ったか・何で補填されたか」を一行にすると確認しやすくなります。
- 本人や生計を一にする家族のために、その年に実際に支払った対象医療費を集めます。
- 給付金や高額療養費を、補填対象となった医療費に対応させます。
- 補填後の額を合計して入力し、結果画面の医療費控除額を確認します。
- 年末までの追加支出や未確定の給付がある場合は、見込みが変わった段階で再計算します。
ワンストップ申請済みでも、全寄付を申告
例えば、2026年にA市へ2万円、B町へ1万円を寄付し、両方でワンストップ申請を終えていても、2026年分の医療費控除を確定申告するなら、3万円分すべてのふるさと納税を申告に含めます。医療費の明細だけを送信して終わらせないようにしてください。
国税庁のふるさと納税の案内では、ワンストップ申請済みの寄付も確定申告の計算に含めるよう示されています。申告書の「寄附金控除」と住民税に関する寄付の項目を、送信前に両方確認します。書類を集める順序は申請から控除確認までのガイドにまとめています。
セルフメディケーション税制は別に判定する
対象医薬品の購入について、一定の健康診査などの条件を満たす人が利用できる選択制の特例です。対象購入額のうち補填を差し引いた額から12,000円を引き、最大88,000円までが控除額になります。同じ年に通常の医療費控除と重ねて適用はできません。対象品目と条件は国税庁「セルフメディケーション税制」を参照してください。
当サイトの医療費欄は通常の医療費控除用です。特例の購入額や控除額を代わりに入力しても、特例の計算にはなりません。両制度を比較する場合は、まずそれぞれの対象になる支出を分け、選んだ制度に対応する申告・試算を行います。
申告後に寄付の記入漏れが見つかったら
寄付の証明書と提出済み申告書の控えを用意し、税務署へ訂正方法を確認します。申告期限内の訂正か、期限後の更正の請求かなどで扱いが異なります。寄附金控除を追加しても所得税額が変わらない場合は、更正の請求では対応できないことがあるため、住所地の市区町村にも確認してください。
参照した一次情報
制度の説明は以下の公的情報を2026年10月7日に確認して更新しました。数値例は、本文に明示した仮定による当サイトの計算例です。個別の控除額・申告要否は税務署や住所地の市区町村に確認してください。